הסרט ה-22: מיוטו מכה שנית, אבולוציה!

הסרט מתחיל במעבדה בה ד"ר פוג'י, מדען שנשכר על ידי מנהיג צוות רוקט – ג'ובאני, משתמש בידע שלו בשיבוט כדי ליצור נשק חי המבוסס על דנ"א של מיו האגדי. הניסוי עובר בהצלחה וזמן קצר לאחר סיומו הנשק זוכה לשם – מיוטו.

כמה שנים לאחר מכן, מיוטו מתעורר לחלוטין מתרדמה ארוכה במעבדה שנמצאת באי בודד ומבין כי בני אדם יצרו אותו ממיו ושהמדענים לא רואים בו יותר מניסוי. מיוטו משתמש בכוחותיו העצומים ומשמיד את המעבדה ואיתו את ד"ר פוג'י וכל שאר המדענים. ג'ואבני מנסה לפנות אליו ולשכנע אותו לעבוד איתו אך כשהוא מגלה שג'ובאני השתמש בו אך ורק ככלי נשק הוא בורח גם משם חזרה לאי בוא הוא נוצר כדי לתכנן את הנקמה באנושות.

לאחר שמיוטו בונה מחדש את המעבדה ומקים בה בסיס, הוא מזמין כמה מאמנים עם הודעות הולוגרמה להילחם במאמן הפוקימונים החזק בעולם באי החדש. אש, מיסטי וברוק מקבלים הודעה ומקבלים את ההזמנה, אך כאשר הם מגיעים לנמל, מיוטו משתמש בכוחותיו בעל-חושיים ויוצר סערה, דבר שגורם לסגירת השייט ובכך מונע להגיע לאי בקלות. אש וחבריו נאספים על ידי צוות רוקט המחופש לקברניטים על סירת מפרש בצורת לפראס. לאחר שהסערה מטביעה את כלי השיט שלהם במרכז האוקינוס, החבורה משתמשת בפוקימונים שלהם כדי להגיע לאי.

אש ושאר המאמנים שהצליחו להגיע לאי מלווים פנימה על ידי אישה ונתקלים במיוטו. האישה נחשפת כאחות ג'וי שנחטפה על ידי מיוטו. מיוטו מאתגר את המאמנים שהגיעו למקום באמצעות פוקימונים משובטים שהוא יצר. בינתיים צוות רוקט מגיע לאי ובוחן את המקום. לאחר שהשיבוטים מצליחים להביס את הפוקימונים של המאמנים ללא מאמץ ככלל מיוטו "מחרים" את הפוקימונים ומתחיל לשבט גם אותם. אש רודף אחרי פיקאצ'ו שנלקח גם הוא. אש משמיד את מכונת השיבוט ומציל את פיקאצ'ו אך דבר זה מוביל אותו להתעמתות מול מיוטו ושיבוטיו. מיו שהגיע למקום חושף את עצמו ומיוטו מחליט לערוך קרב נוסף כדי להוכיח את עליונותו.

הפוקימונים נלחמים בשיבוטים שלהם, למעט פיקאצ'ו ומיאו של צוות רוקט, אש, שלא היה יכול לראות יותר את הפוקימונים פוגעים אחד בשני, מכניס את עצמו באמצע אחת ההתנגשויות בין מיו למיוטו ובכך גורם פיצוץ גדול שמוביל למותו. פיקאצ'ו מנסה להחיות את אש בעזרת החשמל אך לא מצליח. הקרב מפסיק וכל מי שנמצא במקום מתאבל על אש וכתוצאה מכך הדמעות שלהם מחיות מחדש את אש. מיוטו מבין שלא כל בני האדם רעים ושלא צריך לשפוט כל אחד רק בגלל מה שהוא. מיוטו עוזב ביחד עם מיו ושאר הפוקימונים המשובטים לאחר שמחק את הזכרונות של המאמנים והפוקימונים שלהם בידיעה שלמד לקח חשוב שילווה אותו גם בהמשך.