סאגת אדום,כחול וירוק היא הסאגה הראשונה במנגה. בסאגה זו מסופר על רד, מאמן פוקימונים צעיר בעל פוליוורל. הוא נחשב למאמן פוקימון מעולה בעיירה פאלט, העיירה בה הוא גר. אבל הוא רוצה יותר מזה. לכן, הוא הולך אל הפרופסור שגר באותה העיירה בתקווה שהוא יוכל לעזור לו. שם, הוא בטעות משחרר את כל הפוקימונים של הפרופסור, ולאחר מכן הוא נאלץ לעזור לפרופסור למצוא את כל הפוקימונים שברחו. לאחר מכן, הפרופסור מחליט להביא לו את הפוקידע ובאלבזור, כדי שרד יוכל לעזור לו למצוא את כל סוגי הפוקימונים בעולם ולהשיג מידע עליהם. כך נולד חלומו של רד והוא, פוליוורל ובאלבזור יוצאים למסע. בדרך, הוא פוגש את פיקאצ'ו ואת שאר חבריו הפוקימונים, מאמני מכון נחמדים, מאמני מכון פחות נחמדים, צוות רוקט, גרין ובלו. הסוף מסתכם בהצלת עולם.