בעקבות המתקפה של גרידוס, אש וחבריו נסחפים לאי נטוש. כולם מיד שמים לב שפיקאצ'ו, בלבאזור, צ'ארמנדר, מיאו, אקנס וקופינג נעלמו. כל הפוקימונים חוברים יחדיו כדי לשרוד באי המסוכן והפוקימונים הענקים שבו. בינתיים, אש, מיסטי, ברוק, ג'סי וג'יימס מנסים למצוא את הפוקימונים שלהם.