במשחק הזה, אתם משחקים כמאמנ/ת חדש/ה שנכנסים למחוז פאסיו כדי להצטרף לליגת פוקימון מאסטר. בהתחלה אתם מצטרפים לברוק ומיסטי, ותוך כדי אתם צוברים חברים חדשים וצמדי סינכרון אחרים ואתם נלחמים ב-Team Break.
למרות שהסיפור די לינארי (ישר), מתרחש על פני פרקים רבים, כאשר מתווספים עוד פרקים כל זמן מסוים. לכל פרק יש מספר רכיבים. חלקם הם רק קטעי סיפור כאשר באחרים יש אפשרות לקרבות נגד מאמנים כלליים ואפילו קרבות בוס מול צמדי סינכרון חזקים.
יש לכם אפשרות לשחק את אותו הפרק כמה פעמים שתרצו, אבל רק בפעם הראשונה שתסיימו את אותו פרק- אתם תקבלו פרסים מיוחדים.
| אייקון | שם פרק | צמד סינכרון נעול | שיתוף פעולה |
 |
Chapter 1: New Adventure, New Goal | Rosa | לא |
 |
Chapter 2: New Friends, New Foes | Barry | לא |
 |
Chapter 3: Rise Beyond the Flames | Flannery | לא |
 |
Chapter 4: From Bud to Blossom | Erika | לא |
 |
Chapter 5: The High-Flying Girl | Skyla | לא |
 |
Chapter 6: A Telling Aura | Korrina | לא |
 |
Chapter 7: Bravery is Half the Victory | לאrman | לא |
 |
Chapter 8: A Cold, Harsh Winter | Pryce | לא |
 |
Chapter 9: The Beauty of Friendship | Iris | לא |
 |
Chapter 10: A Matter of Pride | Hapu | לא |
 |
Interlude 1: Brock's Grit | Brock | כן |
 |
Chapter 11: Alola's Rising Stars | Hau | כן |
 |
Chapter 12: Candle and Flame | Flint | כן |
 |
Chapter 13: Cold Confidence | Clair | כן |
 |
Chapter 14: Bug Experts | Viola | כן |
 |
Chapter 15: Dubious Duo | Nanu | כן |
 |
Chapter 16: Ninja Kin | Koga | כן |
 |
Chapter 17: Ghostly Trio | Acerola | כן |
 |
Chapter 18: Team Uלאva | Cheren | כן |
 |
Interlude 2: A Stubborn Obstacle | לא | |
 |
Chapter 19: Rematch VS. Lear | כן | |
 |
Chapter 20: Shifting Shadows | כן | |
 |
Chapter 21: Face the Fight! | כן | |
 |
Interlude 3: The Truth About Pasio | לא | |
 |
Chapter 22: Rival Face-Off! | כן | |
 |
Chapter 23: Hearts Connected by Fashion | Valerie | כן |
 |
Chapter 24: A Shining Spotlight | כן | |
 |
Interlude 4: The Once-Charming Prince | לא | |
 |
Chaper 25: A Glorious Gambit | לא | |
 |
Interlude 5: What Makes a King | לא |
Ash